Tách chiết DNA/ RNA vi khuẩn từ mẫu đất

Qiagen giúp cung cấp giải pháp tách chiết DNA/ RNA vi sinh vật hiệu quả và đáng tin cậy từ các mẫu đất

Thách thức trong tách chiết DNA/RNA từ mẫu đất
Các loại mẫu đất vô cùng đa dạng và phức tạp. Tính chất nhất quán, kết cấu vật lý và hóa học khác nhau từ lớp này qua lớp khác với các quần thể vi sinh vật và cấu hình khác nhau. Do vậy, hiệu xuất tách chiết DNA/RNA không dựa trên số lượng mẫu được xử lý và lượng mẫu nguyên liệu ban đầu.

Sự phân hủy chất hữu cơ trong đất tạo ra hợp chất humic. Các hợp chất humic là một hỗn hợp phức tạp và không đồng nhất của các phân tử hữu cơ, một số trong chúng có chung tính chất hóa học với axit nucleic và do đó có thể được tách chiết cùng với DNA hoặc RNA. Những ‘chất ức chế’ này có thể can thiệp với ảnh hưởng tới kết quả của các phân tích tiếp theo như PCR và RT-PCR. Ngoài axit humic, các chất có thể gây ảnh hưởng đến quá trình tách DNA/RNA còn bao gồm kim loại nặng hoặc polysaccharides.

Tách chiết RNA từ đất là có thể coi là một trong những quy trình khó nhất trong nghiên cứu sinh học phân tử với mẫu môi trường. Có rất nhiều yếu tố cần phải được loại bỏ như sự phân rã của RNA, chất ức chế hoặc sự có mặt của DNA tổng số.
Các lưu ý và các mẹo sau đây có thể giúp cho việc tách chiết DNA vi sinh vật hiểu quả hơn:

– Sàng mẫu đất sau khi thu mẫu để đồng hóa kết cấu và loại bỏ các hạt lớn

– Sau khi thu thập, xử lý mẫu của bạn càng sớm càng tốt. Nếu như cần lưu trữ, chúng tôi khuyên bạn nên lưu trữ mẫui ở điều kiện –70 đến –20°C, không nên rã đông nhiều lần.

– Quy trình phá vỡ và ly giải hoàn toàn là không thể thiếu. Quy trình này giúp tăng năng suất tách chiết DNA/RNA một cách tối ưu nhất.

– Các bộ đêm phá vỡ màng tế bào (kết hợp với quy trình phá vỡ cơ học), cần phải đủ nhẹ nhàng để không làm biến tính DNA/ RNA và có thể hoạt động bất kể độ pH nào của đất

– Phương pháp xử lý phenol-chloroform cổ điển thường không thể loại bỏ Axit Humic một cách hiệu quả. Vì vậy, hãy chọn một quy trình có hoạt chất loại bỏ chất ức chế

– Đối với mẫu có độ mặn cao: Để tăng năng suất từ đất nhiễm mặn, hãy rửa sạch đất với PBS vô trùng trước khi tách chiết
– Đối với tách chiết RNA: Điều quan trọng là giữ cho khu vực tách chiết RNA của bạn khỏi các tác nhân gây nhiễm chéo. Để loại bỏ RNase từ dụng cụ nhựa tái sử dụng, rửa kỹ bằng NaOH 0,1 M, EDTA 1 mM và sau đó, rửa với nước không chứa RNase

Giải pháp của chúng tôi – QIAGEN KIT

Với QIAGEN, chúng tôi sử dụng hạt nghiền mẫu zirconium với đệm ly giải để có hiệu suất tốt nhất trong việc phá vỡ ngay cả những chất khó phân giải tế bào vi sinh vật như vi khuẩn gram dương, vi khuẩn cổvà nấm.

– Việc sử dụng kết hợp đệm ly giải được tối ưu hóa với PowerBead Pro được đồng phát triển để tối ưu quá trình ly giải vi sinh vật từ bất kỳ loại đất nào.

– Hóa chất loại bỏ chất ức chế đã được cấp bằng sáng chế Inhibitor Removal Technology® (IRT) giúp kết tủa axit humic và các chất ức chế khác từ dịch ly giải mẫu để từ đó giúp dễ dàng loại bỏ các chất ức chế.

Mã hàng Sản phẩm
47016 DNeasy PowerSoil Pro Kit (250)
47014 DNeasy PowerSoil Pro Kit (50)
47082 RNeasy PowerMax Soil Pro Kit (10)

Đặc biệt, từ ngày 10/06 đến hết 25/07/2024, Qmedic gửi tặng khách hàng Voucher giảm 20% các sản phẩm hóa chất. Chi tiết Quý khách hàng vui lòng xem tại đây.

(Theo Qiagen)